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檸檬酸的生產方式比較靈活，水果提取、化學合成、微生物發酵等都可有效生產，但微生物發酵是最經濟、安全的方式。在菌種選擇上也比較寬泛，黑曲霉、棒曲霉、文氏曲霉、芬曲霉、丁烯二酸曲霉、橘青霉、解脂假絲酵母等眾多菌種都可采用，且對原料沒有特殊依賴性，只要能通過微生物代謝產生檸檬酸即可，故檸檬酸的價格非常低廉，這也是其廣泛應用的重要基礎。

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